Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• biolockj,
• biolockj.exception,
• biolockj.module,
• biolockj.module.classifier,
• biolockj.module.classifier.r16s,
• biolockj.module.classifier.wgs,
• biolockj.module.implicit,
• biolockj.module.implicit.parser,
• biolockj.module.implicit.parser.r16s,
• biolockj.module.implicit.parser.wgs,
• biolockj.module.implicit.qiime,
• biolockj.module.report,
• biolockj.module.report.humann2,
• biolockj.module.report.otu,
• biolockj.module.report.r,
• biolockj.module.report.taxa,
• biolockj.module.seq,
• biolockj.node,
• biolockj.node.r16s,
• biolockj.node.wgs,
• biolockj.util

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • biolockj.util.BashScriptBuilder
  • biolockj.BioLockJ
  • biolockj.util.BioLockJUtil
  • biolockj.BioModuleFactory
  • biolockj.module.BioModuleImpl (implements biolockj.module.BioModule, java.lang.Comparable<T>)
    • biolockj.module.report.Email
    • biolockj.module.implicit.ImportMetadata
    • biolockj.module.ScriptModuleImpl (implements biolockj.module.ScriptModule)
      • biolockj.module.JavaModuleImpl (implements biolockj.module.JavaModule)
        • biolockj.module.implicit.Demultiplexer (implements biolockj.module.SeqModule)
        • biolockj.module.report.humann2.Humann2CountModule
          • biolockj.module.report.humann2.AddMetadataToPathwayTables
          • biolockj.module.report.humann2.RemoveLowPathwayCounts
          • biolockj.module.report.humann2.RemoveScarcePathwayCounts
        • biolockj.module.report.JsonReport
        • biolockj.module.seq.Multiplexer (implements biolockj.module.SeqModule)
        • biolockj.module.report.otu.OtuCountModule
          • biolockj.module.report.taxa.BuildTaxaTables
          • biolockj.module.report.otu.CompileOtuCounts
          • biolockj.module.report.otu.RarefyOtuCounts
          • biolockj.module.report.otu.RemoveLowOtuCounts
          • biolockj.module.report.otu.RemoveScarceOtuCounts
        • biolockj.module.implicit.parser.ParserModuleImpl (implements biolockj.module.implicit.parser.ParserModule)
          • biolockj.module.implicit.parser.wgs.Humann2Parser
          • biolockj.module.implicit.parser.wgs.Kraken2Parser
          • biolockj.module.implicit.parser.wgs.KrakenParser
          • biolockj.module.implicit.parser.wgs.Metaphlan2Parser
          • biolockj.module.implicit.parser.r16s.QiimeParser
          • biolockj.module.implicit.parser.r16s.RdpParser
        • biolockj.module.seq.RarefySeqs (implements biolockj.module.SeqModule)
        • biolockj.module.implicit.RegisterNumReads (implements biolockj.module.SeqModule)
        • biolockj.module.seq.SeqFileValidator (implements biolockj.module.SeqModule)
        • biolockj.module.report.taxa.TaxaCountModule
          • biolockj.module.report.taxa.AddMetadataToTaxaTables
          • biolockj.module.report.taxa.NormalizeTaxaTables
            • biolockj.module.report.taxa.LogTransformTaxaTables
        • biolockj.module.seq.TrimPrimers (implements biolockj.module.SeqModule)
      • biolockj.module.implicit.qiime.MergeQiimeOtuTables
      • biolockj.module.report.r.R_Module
        • biolockj.module.report.r.R_CalculateStats
        • biolockj.module.report.r.R_PlotEffectSize
        • biolockj.module.report.r.R_PlotMds
        • biolockj.module.report.r.R_PlotOtus
        • biolockj.module.report.r.R_PlotPvalHistograms
      • biolockj.module.SeqModuleImpl (implements biolockj.module.SeqModule)
        • biolockj.module.seq.AwkFastaConverter
        • biolockj.module.implicit.qiime.BuildQiimeMapping
        • biolockj.module.classifier.ClassifierModuleImpl (implements biolockj.module.classifier.ClassifierModule, biolockj.module.DatabaseModule)
          • biolockj.module.classifier.wgs.Humann2Classifier
          • biolockj.module.classifier.wgs.Kraken2Classifier
          • biolockj.module.classifier.wgs.KrakenClassifier
          • biolockj.module.classifier.wgs.Metaphlan2Classifier
          • biolockj.module.implicit.qiime.QiimeClassifier
            • biolockj.module.classifier.r16s.QiimeClosedRefClassifier
            • biolockj.module.classifier.r16s.QiimeDeNovoClassifier
            • biolockj.module.classifier.r16s.QiimeOpenRefClassifier
          • biolockj.module.classifier.r16s.RdpClassifier
        • biolockj.module.seq.Gunzipper
        • biolockj.module.seq.KneadData (implements biolockj.module.DatabaseModule)
        • biolockj.module.seq.PearMergeReads
  • biolockj.Config
  • biolockj.Constants
  • biolockj.util.DemuxUtil
  • java.util.Dictionary<K,V>
    • java.util.Hashtable<K,V> (implements java.lang.Cloneable, java.util.Map<K,V>, java.io.Serializable)
      • java.util.Properties
        • biolockj.Properties
  • biolockj.util.DockerUtil
  • biolockj.util.DownloadUtil
  • biolockj.node.JsonNode (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • biolockj.Log
  • biolockj.util.LogUtil
  • biolockj.util.MemoryUtil
  • biolockj.util.MetaUtil
  • biolockj.util.ModuleUtil
  • biolockj.util.NextflowUtil
  • biolockj.node.OtuNodeImpl (implements java.lang.Comparable<T>, biolockj.node.OtuNode)
    • biolockj.node.wgs.Kraken2Node
    • biolockj.node.wgs.KrakenNode
    • biolockj.node.wgs.MetaphlanNode
    • biolockj.node.r16s.QiimeNode
    • biolockj.node.r16s.RdpNode
  • biolockj.util.OtuUtil
  • biolockj.util.OtuUtil.OtuCountLine
  • biolockj.node.ParsedSample (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
  • biolockj.util.PathwayUtil
  • biolockj.Pipeline
  • biolockj.Processor
  • biolockj.Processor.SubProcess (implements java.lang.Runnable)
  • biolockj.util.PropUtil
  • biolockj.util.RMetaUtil
  • biolockj.util.RuntimeParamUtil
  • biolockj.util.SeqUtil
  • biolockj.util.SummaryUtil
  • biolockj.util.TaxaUtil
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • biolockj.exception.ConfigException
        • biolockj.exception.ConfigFormatException
        • biolockj.exception.ConfigNotFoundException
        • biolockj.exception.ConfigPathException
        • biolockj.exception.ConfigViolationException
  • biolockj.util.UpdateJavaDocs

Interface Hierarchy

• biolockj.module.BioModule
  • biolockj.module.classifier.ClassifierModule
  • biolockj.module.DatabaseModule
  • biolockj.module.JavaModule
    • biolockj.module.implicit.parser.ParserModule
  • biolockj.module.implicit.parser.ParserModule
  • biolockj.module.ScriptModule
    • biolockj.module.classifier.ClassifierModule
    • biolockj.module.JavaModule
      • biolockj.module.implicit.parser.ParserModule
    • biolockj.module.implicit.parser.ParserModule
    • biolockj.module.SeqModule
      • biolockj.module.classifier.ClassifierModule
  • biolockj.module.SeqModule
    • biolockj.module.classifier.ClassifierModule
• biolockj.node.OtuNode